• Patogeneza chorób autoimmunologicznych, reumatoidalne zapalenie stawów
• Rola karbamylacji  jako czynnika etiopatologicznego zaburzeń krzepnięcia krwi w chorobach nerek w regulacji układu immunologicznego 
• Proteazy i ich białkowe inhibitory
• Rola negatywnych regulatorów stanu zapalnego podczas infekcji bakteryjnych
• Udział kalikrein w przekazie sygnału indukowanym EGF
• Proces deiminacji argininy w interakcji proteaza-inhibitor – znaczenie w regulacji wrodzonych mechanizmów odporności
• Rola cytrulinacji białek gospodarza katalizowanej przez bakteryjne deiminazy peptydyloargininowe w rozwoju zapalenia przyzębia
• Rola cytrulinacji w gojeniu i regeneracji tkanki okołozębowej
• Udział cytrulinacji katalizowanej przez bakteryjną deiminazę peptydyloargininową w rozwoju zapalenia przyzębia
• Cytrulinacja a gojenie i regeneracja tkanek okołozębowych
• Znaczenie polimorfizmów genu deiminazy peptydyloargininowej P. gingivalis w patogenezie i rokowaniu choroby zapalnej przyzębia
• Rola fibroblastów dziąsła w patogenezie zapalenia przyzębia
• Mechanizmy leżące u podstaw klinicznych i epidemiologicznych powiązań pomiędzy zapaleniem przyzębia (parodontoza) i bakteriami odpowiedzialnymi za rozwój paradontozy, a chorobami systemowymi człowieka.
• Mechanizmy obronne bakterii
• Epigenetyka infekcji bakteryjnych
• Apoptoza komórek immunologicznych i jej rola w rozwoju zapalenia przyzębia 
• Mechanizmy molekularne bakteryjnych zakażeń oportunistycznych
• Genetyczne i fenotypowe typowania istotnych klinicznie patogenów bakteryjnych
• Transmisja szczepów bakteryjnych zwierzę-człowiek i człowiek-zwierzę
• Wykorzystanie sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w mikrobiologii medycznej
• Molekularne podstawy odżywiania się bakterii asacharolitycznych
• Biologia strukturalna kompleksów błonowych P. gingivalis
• Poszukiwanie nowych systemów sekrecji czynników wirulencji
• Badanie unikatowych systemów regulacji ekspresji genów
• Karbamylacja jako czynnik etiopatologiczny zaburzeń krzepnięcia krwi w chorobach nerek
• Współzawodnictwo o wiązanie z TLR2 peptydoglikanu S.gordonii i fimbrii P.gingivalis 
• TLR-2 zależna odpowiedź komórkowa na stymulację różnymi typami fimbrii P.gingivalis
• Wykorzystanie modeli reporterowych do badania wirulencji periodontopatogenów.
• Współdziałanie różnych partnerów molekularnych receptora Toll-podobnego 2 podczas stymulacji cytrulinowanymi ligandami P.gingivalis
• Ocena wirulencji szczepów klinicznych P.gingivalis z użyciem modeli reporterowych oraz pierwotnych komórek   
• Metagenomika i transkryptomika (RNASeq) w diagnostyce molekularnej zakażeń bakteryjnych
• Etiologia i patogeneza neutropenii 
• Molekularne mechanizmy zakażeń gronkowcowych
• Rola glikozaminoglikanów w modulowaniu odpowiedzi immunologicznej
• Nowe terapie chorób zakaźnych